Kenya őslakói az i.e. 2000 környékén bevándorló Etiópok voltak, őket még számos törzs követte, Vasco de Gama partralépése után portugál gyarmat volt

Sok emberi lábnyom közül, amelyek Kenya talaját érintették, az elsőket Kr.e. 2000-ben hagyták hátra az Etiópiából érkező nomád törzsek. Egy másik törzs 1000 körül érkezett oda és elfoglalta Kenya központi területének nagy részét. Az ország lakossága ősének többi része az Kr.e.500 és Kr.u.500 közti időszakban érkezett ide. A bantu nyelven beszélő népek (mint a Guusi, Kikuyu, Akamba és Meru törzsek) Nyugat-Afrikából érkeztek, ezzel szemben a Nilotic nyelvet beszélők (maszájok, luok, szamburuk és turkánok) a Nílus völgyéből jöttek a déli Szudánból. Miközben ezek a törzsek az ország belsejébe vándoroltak, az Arab-félszigetről érkező muzulmánok és a Perzsiából (most Irán) jövő shirazik a kelet-afrikai tengerparton telepedtek le a 8. századtól kezdve.

A fűszerek és a pénz által vonzott portugál hajósok a 15. század körül jelentek meg. Az Afrika nyugati partján egyre távolabb merészkedő Vasco de Gama végül megkerülte a Jóreménység Fokát és tovább ment a kontinens keleti partján 1498-ban. Hét évvel később elkezdődött a térség portugál elfoglalása. A 16. századra a szuahéli kereskedővárosok többségét, beleértve Mombasát vagy kizsákmányolták, vagy elfoglalták a portugálok - jelezve az Indiai-óceán kereskedelme arab monopóliumának végét. A portugálok hosszú időre rendelkeztek be kemény gyarmatosító szerepet játszva, kijátszva az egyik szultánt a másiknak. De a hatalmuk a tengerparton mindig erőtlen volt, mert ezeket az előőrsöket az indiai Goaból kellett ellátni. A tengerpart feletti ellenőrzést az arabok visszavették 1720-ban.

A 18. század következő éveiben a Perzsa-öbölből érkező omán dinasztiák uralkodtak a kelet-afrikai partok mentén. A portugál időszak pusztítása és az arab kormányzók közötti állandó veszekedések lecsökkentették a kereskedelmet és fejlődést, amely azzal járt, hogy Anglia és Németország érdektelenné váltak Kelet-Afrika megszerzésében a 19. század közepéig.

Amikor az európaiak hirtelen megrohanták egész Afrikát, a hírnevet és a szerencsét keresve, még Kenya rejtett belső területe is arra kényszerült, hogy felfedje titkait az idegenek számára. Az 1880-as évekig a Rift völgy és a Aberdare fennsík a büszke harcos törzs, a maszájok, hazája volt. A 19. század végén a masszájok két vetélkedő törzse közötti polgárháború meggyöngítette a törzset. A betegségek és az éhezés is áldozatokat szedtek. Ez megnyitotta az angolok számára a lehetőséget, hogy szerződést köthessenek a maszáj főnökkel és elkezdődhetett a Mombasa Uganda vasútvonal lerakása, amely átszelte a maszáj legelőket. Ennek a vasútvonalnak durván a felezőpontja az, ahol most Nairobi áll.

Ez a maszáj törzs hanyatlásának kezdete volt. Ahogy a fehér telepesek egyre több termékeny földet követeltek, úgy kényszerültek a maszájok egyre kisebb rezervátumokba. A kikuyuk, a Kenya fennsíkjairól származó bantu mezőgazdálkodó törzsek, is feladásra kényszerültek földjeiket.

Noha a 20. század elején a betelepedés katasztrofális volt, miután vették a fáradságot arra, hogy megismerjék az országot, a briteknek sikerült életképes gyarmatot teremteniük. Más európai telepesek hamarosan kávéültetvényeket telepítettek és 1950-re a fehér telepesek száma elérte a 80,000 főt. Mivel kevés választásuk maradt, mint hogy beszálljanak az európaiak által teremtett gazdasági mókuskerékbe, az olyan törzsek, mint a kikuyuk, sikeresek voltak a fennmaradásban. Harry Thukut, a kikuyu politikai egyesülés első vezetőjét a britek bebörtönözték 1922-ben. Követője Johnstone Kamau (később Jomo Kenyatta) lett a függetlenné vált Kenya első elnöke.

A gyarmatosítás ellenesség növekedéssel létrejött a Kenyai Afrikai Unió (KEA) és eltökélt lett a követeléseiben. Rövidesen hamarosan más szervezetek is felemelték hangjukat a szabadságért, beleértve a Mau Mau-t, aminek a tagjai (főleg kikuyuk) azt követelték, hogy űzzék ki a fehér telepeseket Kenyából. Az ezt követő Mau Mau felkelés 1956-ban ért véget a Mau Mau vereségével. A háborús számla több mint 13,000 afrikai - Mau Mau gerillák, polgárok és csapatok - 1000 feletti európai volt.

Kenyatta éveket töltött börtönben és házi őrizetben, de kiszabadult 1961-ben és az átalakuló KAU, a Kenyai Afrikai Nemzeti Unió (KANU) vezetője lett. Kinyilvánította a függetlenséget 1963. december 12.-n, és elnöksége alatt az ország Afrika egyik legstabilabb és leggazdagabb országává fejlődött. Kenyatta 1978-as halála után Daniel Arap Moi, a tugan törzs tagja lett az elnök.

Moi irányítását az elidegenedés és az ellenkezés jellemezte. Rosszul tűrte a kritikát és ennek eredményeként szétszakította a törzsi társadalmat és feloszlatta az egyetemeket. A kenyai légierő által elkövetett államcsínyt 1982-ben leverték a Moihoz hű erők. A légierőt feloszlatták, és új egységgel helyettesítették. Az 1980-as évek végén és az 1990-as évek elején Afrikán végigsöpört a demokratikus pluralizmus szele, és felfüggesztették a Moi Kenya számára nyújtott nemzetközi segítséget.

A Nemzetközi Pénzalap (EMF), a Világbank és a nagyobb pénzügyi hitelezők azt követelték, hogy hagyják abba az elnyomást és Moi politikai nyomása meggyengült. Lemondott, de Moi megelégedésére az ellenzék az 1993-as választásokon öngólt lőtt a Demokrácia Felújításának Fóruma (FORD) képtelen volt vezetőt választani. A három pártra szakadt FORD dédelgetett ügye reménytelenné vált. Moi az ellenzéki habozást kihasználva megszerezte az összes szavazatok egy-harmadát.

1995-ben egy új párt alapult, hogy megkísérelje a szétforgácsolt ellenzéket egyesíteni. A Safina pártot Richard Leakay alapította, aki híres antropológus, elefántmentő és politikai aktivista volt. A kormány majdnem állandó zaklatása ellenére, Safina eredményeket ért el.

Kenyában 1997-ben választásokat tartottak. A szavazatok meghamisítása és az ellenzéki jelöltek megfélemlítése nyilvánvalóvá válása ellenére Moi megnyerte a szavazatok 40%-ot. Moi ígérete ellenére, hogy megszabadítja a kormányt a korrupciótól, az országban érezhető a rezignáció légköre, arra várva, hogy a következő évszázadban Moinak nem lesz más választása, mint csendesen visszavonul. 1998 augusztusában terroristák felrobbantották az amerikai nagykövetségeket Nairobiban és Dar es Saalamban, több mint 250 embert megölve és 5000 embert megsebesítve, alátámasztva azt a tényt, hogy Kenya megérett a társadalmi és politikai változásra.