A Fülöp-szigeteket Magellán fedezte fel 1521-ben, ezután spanyol gyarmat volt, a spanyol-amerikai háború alatt amerika gyarmata volt, 1946-óta független ország

A gyarmatosítás előtt

Régészeti és embertani bizonyítékok vannak arra, hogy Palawan-szigeten már ötvenezer éve is élt Homo sapiens. A Fülöp-szigetek eredeti lakói a ritók. Legkésőbb harmincezer éve érkeztek a szigetekre. Az ausztronézek az ázsiai szárazföldről vándoroltak Taiwan szigetére, majd innen érkeztek a Fülöp-szigetekre 6000 éve. Letelepedtek itt, majd innen vándoroltak tovább Indonéziába, Malaysiába, jóval később a polinéz szigetvilágba és Madagaszkárra.
A Fülöp-szigetek kultúrája rokonságban állt Malaysia, Indonézia és az ókori India kulturájával, népe a 9. század eleje óta kereskedelmi kapcsolatban állt Kínával és Japánnal.

Az iszlám vallást Malaysiából és Indonéziából érkező kereskedők terjesztették el. A 13. században jelent meg az iszlám a Sulu-szigeteken, azután innen terjedt el Mindanaón; Manila térségét 1565-ben érte el. A muszlim vallásra áttértek közösségeket alapítottak és államokat, melyeknek uralkodóját rádzsának vagy szultánnak hívták. Egyik iszlám állam sem terjesztette ki uralmi területét a teljes szigetvilágra, valamint maradtak autonomóm, nem iszlám bennszülött társadalmak, amelyek vezetőit datu-nak vagy apo-nak hívták. Amikor a spanyolok a 16. században megérkeztek, a szigetvilág becslés szerint 500 000 fős lakosságának többsége barangay néven említett független településeken, vagy néhány ilyen település hálózatában élt.
Ferdinand [Magellán], spanyol szolgálatban álló portugál felfedező és legénysége 1519. szeptember 20-án indult útjára. Samar szigetét 1521. március 17-én érték el, másnap pedig Homonhon szigetet. Limasawa szigetet 1521. március 28-án fedezték fel, ahol március 31-én először ünnepeltek Húsvétot a Fülöp-szigeteken. Cebu szigetét április 7-én érte el az expedíció, ahol Hurnabon rádzsa békésen fogadta őket, családjával és 700 más cebuival együtt áttért a kereszténységre. Nem sokkal később a Mactan-szigeti csatában Magellán életét vesztette a Lapu-Lapu által vezetett bennszülött harcosok kezétől. Lapu-Lapu elkeseredett ellensége volt Hurnabonnak.

Spanyol gyarmat

A gyarmatosítást a II. Fülöp spanyol király által egymás után küldött expedíciók kezdték meg. Miguel López de Legazpi 1565-ben érkezett Mexikóból és megalapította az első spanyol települést Cebu szigetén. 1571-ben alapította Manilát, ami az új spanyol gyarmat fővárosa lett.
A spanyol uralom idején egyesítették az előzőleg egymástól független szigeteket és közösségeket, és bevezették a nyugati civilizáció elemeit: törvénykönyvet adtak ki, nyomdát működtettek és bevezették a Gergely-naptárt. Fülöp-szigetek Új-Spanyolország része volt 1565-től 1821-ig, de Mexikó függetlenné válása után közvetlenül Madridból kormányozták. A spanyol gyarmati korban számos várost alapítottak, infrastruktúrát építettek ki, új növények termesztését, új állatfajták tenyésztését vezették be, virágzott a kereskedelem. A 16. század elejétől a manila galeonok évente egyszer vagy kétszer elhajóztak a mexikói Acapulcóba, selymet, fűszert, elefántcsontot és porcelánt vittek Amerikába, a visszaúton pedig ezüstöt hoztak. A spanyol katonák számos bennszülött lázadást levertek. Elhárították a a britek, a kínai kalózok, a hollandok és a portugálok fenyegetését. Római katolikus misszionáriusok a lakosság többségét a kereszténységre térítették, számos iskolát, egyetemet és kórházat alapítottak. 1863-ban egy spanyol dekrétum bevezette a közoktatást, ingyenes iskolák kezdtek működni spanyol nyelven.
José Rizal egy fülöp-szigeteki nacionalista volt, aki Spanyolországban tanult. Ott alapította propaganda mozgalmát. Feladatának tekintette a spanyol kormány informálását a gyarmati közigazgatás jogtalan tetteiről, a szerzetesrendek visszaéléseiről. Az 1880-as és az 1890-es években a propagandisták világossá tették politikai és társadalmi reformok szükségességét. Ebbe beleértették Fülöp-szigetek nagyobb képviseletét Spanyolország törvényhozásában. Amikor kiderült, hogy képtelen jelentős reformokat kieszközölni, Rizal visszatért hazájába és helyben fejtett ki nyomást a reformok érdekében. Rövidesen bebörtönözték, árulásért halálra ítélték és kivégezték 1896. december 30-án.

Amerikai félgyarmat

Egy évvel korábban a Katipunan nevű, Andrés Bonifacio által vezetett szervezet lázadást robbantott ki. Az további események vezetője Emilio Aguinaldo volt. Forradalmi kormányt alakított, bár a spanyol főkormányzó, Fernando Primo de Rivera is forradalmat hírdetett 1897. május 17-én. A spanyol-amerikai háború Kubában robbant ki 1898-ban és a Fülöp-szigeteket akkor érte el, amikor George Dewey amerikai hajói vereséget mértek a Manila-öbölben állomásozó spanyol hajókra. Aguinaldo 1898. június 12-én kiáltotta ki a Fülöp-szigetek függetlenségét, és önmagát államfővé nyílvánította. Spanyolország háborús veresége után még rövid időre képes volt erővel helyreállítani hatalmát a Fülöp-szigeteken, míg Kuba (amely névleg függetlenné vált, de külügyeit az Amerikai Egyesült Államok intézte), Guam és Puerto Rico amerikai megszállás alá került. 1899-ben kiáltották ki az első fülöp-szigeteki köztársaságot Bulacan szigeten, Malolos városban, de ezt később szétszórták az amerikai csapatok. Ezzel kezdődött az Amerikai Egyesült Államok és a fülöp-szigeteki forradalmárok közötti háború. Az Egyesült Államok hivatalosan megállapította az ellenségeskedések befejezését 1901. március 23-án, amikor csapatai fogságba ejtették Aguinaldót. A harcok azonban 1913-ig folytatódtak, milliónyi filippinó életét követelve. Az ország kezdetben terület volt, majd 1935-ben bizonyos önkormányzatot kapott, megalakult a Fülöp-szigetek Közösség. Tervezték, hogy a következő évtizedben kiterjesztik az önkormányzatot, de a végrehajtást felfüggesztették a II. világháború kitörése miatt. Ennek során Japán megszállta a Fülöp-szigeteket. Japán veresége után az ellenőrzés megoszlott az amerikai csapatok és az 1944-ben és 1945-ben működött fülöp-szigeteki felszabadító mozgalom erői között. Az Amerikai Egyesült Államok 1946. július 4-én ismerte el a Fülöp-szigetek függetlenségét.

Független állam

1946 óta az új állam politikai instabilitással küzd. Az 1960-as évek végén és az 1970-es évek elején gazdasági fejlődése Japán mögött a második volt Ázsiában. Akkoriban Ferdinand Marcos volt a választott elnök. Félve attól, hogy nem választják meg harmadszorra, 1972. szeptember 21-én kihírdette a hadiállapotot és a rendeleti kormányzást. Ez a lépés csak a politikai instabilitást növelte, kommunista és muszlim felkelők jelentek meg.
1986. januárjában Marcos elcsalta a választásokat, ami heves tiltakozásokat váltott ki. A választás eredményét mindenki hamisnak tartotta, patthelyzet alakult ki az elnökhöz hű és a lázadó katonák között. A lázadókat támogaták a tüntetők., akik a vezető kormánytagok lemondását követelték. Végül a választások győztesének Corazon Aquinot ismerték el. Ő alkotmányozó gyűlést hívott össze új alkotmány kidolgozására. Marcos, a családja és leghűbb szövetségesei Hawaii-ba menekültek.

Az 1986-os események után a demokráciára való visszatérést és a kormányzati reformokat veszélyeztette az állam nagyarányú eladósodása, a kormányzati korrupció, puccskísérletek, a kommunisták felkelése és a muszlim szeparatista mozgalmak. Az 1992-ben megválasztott Fidel V. Ramos kormánya idején a gazdaság virágzott. Azonban 1997-ben a kelet-ázsiai pénzügyi válság megsemmisítette az addigi eredményeket. A következő elnök, Joseph Estrada bukását népi tiltakozás okozta 2001-ben. A jelenlegi elnök Gloria Macapagal-Arroyo, kormánya a korrupció és a választási csalások ellen küzd.