Zanzibár őslakói Afrikából érkezhettek 1000 évvel ezelőtt, de a sziget kikötőjét már sokkal régebben is használták az Indiából érkező kereskedők

Zanzibár első állandó lakói alighanem a hadimu és tumbatu népek elődei voltak, akik 1000 körül kezdtek betelepülni Kelet-Afrikából. Számos különböző etnikai csoporthoz tartoztak, kis falvakban laktak, és mivel nem alkottak nagyobb politikai egységet, könnyű prédáivá váltak a későbbi hódítóknak.

Arábia, a Perzsa-öböl és Irán (különösen Síráz) és Nyugat-India kereskedői valószínűleg már az 1. század óta látogatták Zanzibárt. A monszunszelet használhatták ki a vitorlázáshoz, és a mai Zanzibár város védett kikötőjében szállhattak partra. Maga a sziget csekély jelentőséggel bírt a számukra, de jó támaszpont volt a Kelet-Afrika városaival való kereskedéshez.

A Perzsa-öböl kereskedői – kis számban – a 11. század és a 12. század fordulója körül kezdhettek el letelepedni Zanzibáron és keveredtek a bennszülöttekkel. A hadimuk közül végül kiemelkedett egy öröklődő rangú uralkodó (a Mwenyi Mkuu vagy Jumbe), és a tumbatuk közül is (a Sheha). Egyiküknek sem volt túl nagy hatalma, de népük etnikai önazonosság tudatának kialakulásában alapvető szerepük volt.

A sziget később portugál birtok volt, 1503-tól 1698-ig.
1698-tól Omán szultánjának fennhatósága alá került.

Szaid bin Szultan Al-Buszaid, Omán és Zanzibár szultánja 1840-ben Zanzibárba, a Stone Town-ba tette át a székhelyét az omani Maszkatból. 1861-ben meghalt, és a fiai vetélkedtek a trónért. A hatodik fia, Szaid Madzsid bin Suaid Al-Buszaid (1834/5-1870) lett Zanzibár szultánja, a harmadik fiú, Szaid Thuwaini bin Szaid al-Szaid (meghalt 1866-ban) pedig Omán uralkodója lett.

Ebben az időszakban a zanzibári szultán a kelet-afrikai partvidék egy jelentős részét is ellenőrizte (Zandzs), beleértve Mombasát, Dar es-Salaamot és a kontinensbe nyúló kereskedelmi útvonalakat, mint a Kongó folyó melletti Kindu 1886 novemberében egy német-brit határbizottság a Zandzst 10 tengeri mérföld (19 km) szélességű sávként határozta meg a parton Cape Delgado-tól (ma Mozambique-ban) Kipiniig (ma Kenya), a közbeeső szigetekkel és számos várossal együtt, amelyek ma Szomáliához tartoznak. De 1887 és 1892 között mindezeket a kontinentális területeket Nagy-Britannia, Németország és Olaszország szerezte meg, noha hivatalosan egészen a 20. századig se el nem adták, se oda nem engedték őket (például Mogadishu csak 1905-ben került Olaszországhoz, Mombasa pedig Kenyához 1963-ban.)

A britek fokozatosan növelték befolyásukat, és az 1890-ben megkötött Helgoland-Zanzibár egyezményben Németország formálisan is megígérte, hogy Zanzibáron nem avatkozik brit a érdekekbe. Ugyanebben az évben Zanzibár brit protektorátus lett, és vezetésére a britek 1890 és 1913 közt vizier, 1913 és 1963 között kormányzó néven neveztek ki főhivatalnokokat.
1896. augusztus 7-én robbant ki a rövid angol-zanzibári háború Hamad bin Thuwaini szultán utódlása körül, és az angolok jelöltje, Hamoud bin Mohammed trónra kerülésével végződött. Ez volt a történelem legrövidebb háborúja: Zanzibár 38 perc alatt megadta magát.